Análisis de alfa diversidad
Ahora, se analiza la diversidad alfa de sus muestras. Las métricas de diversidad alfa describen la diversidad de características dentro de una muestra o un grupo de muestras. Esto se utiliza para analizar la diversidad dentro y no entre muestras o un grupo de muestras.
Un tipo de análisis para la diversidad alfa, y el más simple, es observar el número de características únicas (OTU) observadas en este ejemplo, también conocido como riqueza de características. Este tipo de análisis proporcionará el número de OTU únicas que se encuentran en una muestra o grupo de muestras.
Para realizar un análisis de diversidad alfa de la riqueza de características, seleccione el objeto rareficado "Rarefy table(BIOM)" en la red de procesamiento y seleccione "Proceso". Seleccione "Alpha diversity [alfa]" en el menú desplegable. Los parámetros aparecerán debajo del diagrama de flujo de trabajo:
Se han seleccionado automáticamente varios parámetros ya que estas opciones no se pueden cambiar. En el campo, " The alpha diversity metric… (metric)", especificaremos la métrica de diversidad alfa que se ejecutará en el análisis. Seleccione en el menú desplegable de este cuadro " Number of distinct features" que es el que cálcula el número de distintos OTU’s y finalmente, haga clic en "Add command".
Una vez que se agrega el comando, el flujo de trabajo debería aparecer de la siguiente manera:
Este es el resultado obtenido una vez finalice de ejecutarse el análisis:
Índice de diversidad de Shannon
Otra métrica de diversidad alfa comúnmente utilizada es el índice de diversidad Shannon. Además de la riqueza de características, esta métrica considera la abundancia de cada taxón en relación con la abundancia total en todos los taxones de una muestra. Por lo tanto, esta métrica tiene en cuenta tanto la riqueza como la abundancia de características.
Para realizar un análisis de diversidad alfa utilizando el índice de diversidad de Shannon, seleccione el artefacto "Rarefy table(BIOM)" en la red de procesamiento y seleccione "Process". Seleccione "Alpha diversity [alpha]" en el menú desplegable. Los parámetros aparecerán debajo del diagrama de flujo de trabajo como anteriormente se observó. Además, como antes, se han seleccionado automáticamente varios parámetros. En el campo, " The alpha diversity metric… (metric)", seleccione " Shannon’s index" en el menú desplegable de este cuadro y clic en "Add command".
Una vez que se agrega el comando y el flujo de trabajo realizado el resultado debería aparecer de la siguiente manera:
Indice de diversidad filogénetica de Faith
El análisis de diversidad alfa de está sección utiliza el índice de diversidad filogenética de Faith. Este índice mide la abundancia y la diversidad, pero considera la distancia filogenética que abarca todas las características de una muestra. Los resultados también se pueden mostrar como una filogenia, en lugar de una trama.
Para realizar un análisis de diversidad alfa utilizando el índice de diversidad filogenética de Faith, seleccione el artefacto "Rarefy table(BIOM)" en la red de procesamiento y seleccione "Process". Seleccione "Alpha diversity (phylogenetic)" con el comando Qiime2 de “alpha phylogenetic” en el menú desplegable. Los parámetros aparecerán debajo del diagrama de flujo de trabajo:
