Herramienta web Kbase

La plataforma web llamada KBase ( http://kbase.us), es una herramienta de código abierto que permite el intercambio de datos, la integración y el análisis de microbios, plantas y comunidades. KBase tiene un conjunto de aplicaciones científicas que permite a los usuarios crear y compartir flujos de trabajo sofisticados. Por ejemplo, un usuario puede predecir interacciones de especies a partir de datos metagenómicos reuniendo lecturas sin procesar, agrupando contigs ensamblados por especie, anotando genomas, alineando lecturas de secuencia de ARN y reconstruyendo y analizando modelos metabólicos individuales y comunitarios en está aplicación.

Los archivos fasta extraídos del metagenoma artificial y los genomas individuales se subieron en la plataforma Kbase y se ejecutaron en tres diferentes aplicaciones que se explican a continuación.

 La aplicación CheckM incluida en la plataforma Kbase, método que evalúa la calidad de los genomas, proporcionando estimaciones precisas de la integridad y contaminación del genoma utilizando genes marcadores que son específicos del linaje inferido de un genoma dentro de un árbol del genoma de referencia.

La clasificación taxonómica se realizó por medio de la aplicación GTDB-Tk, es un kit de herramientas computacional eficiente que proporciona una clasificación taxonómica automatizada y objetiva de genomas de bacterias y arqueas colocándolos en árboles de referencia de proteínas concatenadas. GTDB-Tk determina clasificaciones taxonómicas consistentes con la taxonomía normalizada por rango de divergencia evolutiva relativa (RED).

Además, se utilizó la aplicación FastANI incluida en la plataforma Kbase, desarrollada para el cálculo rápido sin alineación de la identidad de nucleótidos promedio (ANI) de todo el genoma. ANI se define como la identidad de nucleótidos media de pares de genes ortólogos compartidos entre dos genomas microbianos. FastANI admite la comparación por pares de ensamblajes de genoma completos y preliminares.